Salut,
Je ne dit pas que cela ne t'ai pas arrivé, mais que cela n'est pas à imputer au conteneur de donnée, lors d'une copie un JPEG peut être altéré au même titre qu'un RAW, sur ce point il n'y à aucune difference.
En revanche utiliser la copie classique sans aucune vérification sur un grand nombre de photos c'est s'exposer à un vrai risque de perte de donnée. Il existe des outils local de type "secure copy" intégrant une vérification intégrée des checksums (Md5 ou mieux les versions les récentes de SHA)
Sebastien