Des disques durs internes directement USB, ça je n'ai encore jamais vu (mais sait-on jamais...)
Vérifier le status SMART des disques est une excelllllente idée
Concernant le bruit d'arrêt, c'est possible que ca ne vienne pas du disque mais du contrôleur USB derrière le disque: l'un gère l'arrêt, l'autre pas. C'est une question de firmware, voire de version de firmware. Malheureusement, si c'est ça, ce n'est pas possible de le mettre à jour. Mais c'est moins grave qu'un HDD défectueux (qui à ma connaissance doit se parker correctement dans les 2 cas).