Les explications plus haut sont déjà des bonnes pistes de réflexion, ensuite, la mise au point ne se fait pas toujours exactement sur le repère. Le capteur AF est toujours légèrement décalé, pas énormément, mais ce que tu vois n'est qu'une indication sur un dépoli, pas le capteur lui même.
Et à ce genre de profondeur de champ, le moindre décalage se voit immédiatement !*
Enfin, sur pas mal de photo où je ne suis pas perpendiculaire au plan visé, j'ai remarqué qu'il y avait souvent un décalage : soit le capteur AF est un peu décalé, soit tout simplement, il cherche là où il voit le plus de contraste, or, un capteur AF a une certaine surface. Sur le 5D3 par exemple, tu peux choisir le collimateur AF normal, ou spot qui est plus précis justement.
La macro se fait rarement en autofocus à mon sens, c'est du focus manuel, et je bouge légèrement d'avant en arrière pour voir dans le viseur quand la bébête est nette.
Sinon, il y a la solution liveview avec loupe.